Mağaralar, özellikle de fosil mağaralar dış etkenlere kapalı olduklarından dolayı sabit koşullara (sıcaklık, nem, O2 miktarı vb) sahiptirler. Yani çok yavaş bir döngüleri vardır. Bu yüzden mağaralarda asla atıklarımızı bırakmamalı ve rastladığımız bütün çöpleri dışarı çıkartmalıyız. Mağaralardan anı amaçlı hiçbir oluşumu dışarı çıkarılmamalıdır (kırılmış olsalar bile). Binlerce yılda oluşan sarkıtları kırmamaya dikkat etmeli ve dar galerilerde karpit isinin tavandaki oluşumları karartmaması için mümkünse fener kullanmalıyız. Sık ziyaret edilen mağaralarda hep aynı rotayı kullanmalıyız. Mağara etkinliği için gittiğimiz yörelerdeki halkı konuyla ilgili bilgilendirmeliyiz.
Bunun dışında mağaralarda yaşayan canlıları, başta yarasalar olmak üzere rahatsız etmemeliyiz. Kalabalık yarasa kolonilerinin bulunduğu mağaralarda sessiz, yavaş ve fenerlerle ilerlemeliyiz. Özellikle kışın yarasaların kış uykusuna yattığı mağaralara girmemeliyiz. Hayvanları onlara mikrop bulaştırmamak için ellememeli, kemik ve cesetlerini mağaradan dışarı çıkarmamalıyız.